طبق کتیبه‌های موجود در مجموعه‌ تاریخی مقابر گنبد سبز، این عمارات در قرن هشتم هجری قمری به‌عنوان آرامگاه و محل دفن خاندان صفی از حاکمان شهر قم احداث شده است؛ هرچند به اعتقاد مردم استان قم، این سه آرامگاه متعلق به سه تن از بزرگان عرب اشعری است که شهر قم را در دوران اسلامی احیا کرده‌اند. آن‌ها صاحبان این مقابر را سعد، سعید و مسعود می‌پندارند؛ اما این موضوع با توجه به تاریخ برج‌مقبره‌هایی که در مناطق مختلف ایران وجود دارد و همچنین سرگذشت شهر قم، چندان درست نیست. 

به‌طور کلی، می‌توان با توجه به نوشته‌های حک‌شده در کتیبه‌های تاریخی این مجموعه، مقابر گنبد سبز را مدفن خواجه اصیل‌الدین و خواجه علی صفی در نظر گرفت؛ فرد دیگر، متاسفانه به‌دلیل از بین رفتن کتیبه‌ سومین گنبد، ناشناس مانده‌ است؛ البته با توجه به نوشته‌های تاریخی، به نظر می‌رسد که برخی دیگر از خاندان صفی در پایین گنبد سبز دفن شده باشند. سه گنبد شمالی مجموعه باغ گنبد سبز متعلق به اواخر قرن هشتم هجری و اوایل قرن نهم هجری است. گنبد جنوبی مدفن خواجه اصیل‌الدین و دو نفر دیگر از حاکمان خاندان صفی محسوب می‌شود که در سال ۷۶۱ هجری قمری وفات یافته‌اند. تاریخ احداث گنبد مرکزی، آرامگاه خواجه علی صفی و مقبره‌ سه تن از فرمانروایان خاندان صفی را مربوط به سال ۷۹۲ هجری قمری می‌دانند.